No hay truco para ésto. Hay que aprender. Fotografiar con flash, si utilizas más de uno, siempre se va a notar puesto que utilizarás varias fuentes de luz:
Esto es muy difícil que ocurra naturalmente. El objetivo es que esta combinación de luces resulte natural, no que no se note. Para ello hay que decidir cuál será la luz principal y exponer correctamente para que el resto de luces queden armoniosas. Hay que iluminar evitando dobles sombras y que todo el conjunto tenga coherencia y esté equilibrado. Pero no hay trucos para ello, hay que calcular los ratios de luz, colocarlas correctamente, etc. Para eso hay que aprender a hacerlo y practicar mucho.
Si utilizas un único flash puedes emular bastante bien una iluminación natural. Para eso tendrás que respetar las características de la luz que quieres emular. Por ejemplo:
También se puede simular luz de vela, incandescente o de fluorescentes observando sus características y virando su color utilizando geles puestos en el flash.
Una cosa importante para simular luces artificiales es la dirección. Mientras que la luz del sol es cenital, la de una vela puede venir desde abajo.
Para iluminar con flash y que no se note tienes que observar atentamente las características de la luz que quieres emular: color, dureza, dirección e intensidad.